La Chiesa di San Francesco e il relativo convento sorgevano anticamente in riva al mare in località “Tre colonne”.

Gli storici locali ricordano la chiesa poiché in questa si rifugiarono i nobili giovinazzesi per scampare alla rivolta popolare del 13 novembre 1395. Nello stesso luogo fu poi stipulato l’accordo tra le due parti. Distrutta nel 1529, risorse nel 1537, per il fervore religioso di fra’ Bonaventura, in via Piano in seguito a una permuta di suoli avvenuta tra i francescani e la famiglia Venturieri. Il 7 agosto 1809 la chiesa, che il popolo chiamava Sant’Antonio, unitamente al convento veniva soppressa da Gioacchino Murat e l’intero complesso passò in proprietà alla famiglia Sagarriga. Oggi della chiesa, una volta dotata di altare maggiore e di sette cappelle appartenenti a nobili famiglie, restano una sola campata e due epigrafi sepolcrali, mentre il convento è solo un rudere in completo abbandono.