Anticamente la Chiesa di San Giovanni Battista si affacciava sul mare con il relativo monastero di suore Benedettine, a ridosso delle mura di Levante. Nel 1553, il Vescovo Briziano, visto che la chiesa era troppo esposta agli attacchi dei Turchi, la fece demolire e la incorporò idealmente nella chiesa parrocchiale dei SS. Giovanni e Paolo già Santa Maria. Non è nota l’epoca della sua costruzione forse avvenuta negli ultimi secoli del I millennio.
La si trova citata, però, in un testamento del 1110. Una bolla del 1184 del metropolita Rainaldo riporta invece il nome del fondatore del monastero, il nobile giovinazzese Maggiore Sasso.
Secondo il Lupis la chiesa di Santa Maria cambiò il suo nome in San Giovanni e Paolo perché un gentiluomo di nome Kutizzo le donò le reliquie dei suddetti Santi. Comunque, il primo documento che cita la “Ecclesia Sancti Joannis et Pauli” senza accennare alla sua primitiva denominazione è del 6 giugno 1203. Nel corso dei secoli la chiesa fu sottoposta a numerosi restauri che finirono col modificare il suo aspetto originario. Fu determinante quello operato nel 1553 da Monsignor Briziano che annesse a questa tanto la chiesa di San Giovanni Battista quanto il convento delle Benedettine. Le ricche ornamentazioni di un tempo, i marmi pregiati, le colonne, il soffitto a cassettoni dorati restano solo nelle descrizioni del Paglia e del Marziani poiché nel restauro del 1849 furono eliminati. Attualmente la chiesa è dedicata a San Giovanni Battista, ma il popolo la chiama “San Francesco” per la Congrega in essa allogata.
La campana, attualmente la più antica di Giovinazzo, presenta due iscrizioni: quella sull’orlo inferiore “+XPS-REX-GLE-VEIT-IN-PACE+ DS-HO-FACTVS-E+ M-ANGLS-BARTLI-DE-ATRIA-ME-F+” (Cristo Re di gloria viene nella pace il Signore si è fatto uomo + mi ha costruita maestro Angelo figlio di Bartolo di Adria+) e quella sull’orlo superiore “+A-D-MCCCCCI METEM-SCAM-SPOTAEAM-H-D-7-P-L+” (nell’anno del Signore 1501+ (Agata ebbe) mente sana, spontanea (diede) onore a Dio e liberazione alla Patria).
