Si tratta della Chiesa oggi detta del Crocifisso, da cui prende il nome la strada che porta al cimitero. Dal popolo è chiamata anche “Chiesa dei Monaci”, con riferimento all’annesso convento dei frati Cappuccini che vi risiedono dal 1866.
Iniziata dal vescovo Giacomo II, fu completata nel 1350 dopo il saccheggio di Giovanni Pipino. L’atto notarile, in pergamena, dice che Tommaso Di Guglielmo, sindaco di Giovinazzo, nell’anno 1350 consegna al capitolo della Cattedrale diciassette once d’oro e sette carlini d’argento, quale contributo dell’Università per la costruzione della Chiesa di Santa Croce. Nella chiesetta si venera un antico Crocifisso ligneo rinvenuto, secondo la tradizione, sulla vicina riva del mare. Secondo gli storici, verso la metà del ‘400 dovette subire danni, forse causati dalle soldataglie dei Principi Orsini e Caracciolo. A tal proposito, il Lupis dice testualmente: “Santa Croce in via Melficti rovinata”. Fu restaurata ed ingrandita con un’ampia navata nel 1587 per volontà del vescovo Luciano De Rossi e affidata al capitolo Cattedrale. Particolarmente interessante è la chiesetta originaria, la cui calotta emisferica è protetta all’esterno da una piramide realizzata a “chiancarelle”.